為了確保實驗型噴霧干燥機及其管道和所有與成品接觸的部件的清潔，定期清潔設備是必要的。當產品品種發生變化，或設備停機超過24小時仍未清洗時，應徹底清洗一次。清洗方式，可根據實際情況選擇干洗、濕法清洗或化學清洗。
干洗：用刷子和吸塵器清潔(適用于小型噴霧干燥機)。濕洗：60~80熱水洗。化學洗滌：用堿液、酸液和各種洗滌劑洗滌。其中酸洗：硝酸配制成1~2%的溶液，在不超過65的加熱溫度下清洗，然后水洗；堿洗：將NaOH配制成0.5~1%的溶液，在不超過65的加熱溫度下洗滌，然后用清水洗滌。
濕洗和化學清洗后，設備和部件應安裝并在高溫下滅菌15 ~ 30分鐘。用離心噴霧干燥器清洗時，注意不要用氯及其化合物清洗。空氣過濾器應根據周圍環境條件進行清潔，即空氣中的灰塵含量。一般含量高的每3~6周清洗一次，含量低的每6~8周清洗一次。不銹鋼絲經堿洗后，仍應均勻地鋪設在空氣過濾器的框架內，并噴灑輕質錠子油或真空泵油。
